La Direttiva, è rivolta all'ambito dell'intera rete idrografica e indica per la progettazione di opere ed interventi di manutenzione idraulica, i criteri per la salvaguardia della naturalità degli ambienti. Inoltre per i i corsi d'acqua principali e i canali di bonifica, fornisce criteri per l'autodepurazione dei canali di sgrondo e dei fossi stradali, per limitare l'apporto diretto d'inquinanti ed elementi eutrofizzanti veicolati dalle acque di dilavamento dei campi, della rete stradale e delle aree pavimentate.

Gli ambiti sono schematicamente quelli dell'alveo e delle relative fasce di pertinenza, in particolare la fascia ripariale, inoltre sono ricompresi gli ambiti del reticolo del demanio idrico naturale ed artificiale e del reticolo idrografico minore non altrimenti classificato.

La Direttiva è composta da un premessa con le definizioni adottate e gli ambiti territoriali di applicazione, dall'elenco dei criteri di intervento e tecniche da privilegiare nella progettazione di opere ed interventi di manutenzione idraulica, dal calendario dei cicli biologici e quello dei corrispondenti periodi idonei per la programmazione degli interventi , dell'indicazione degli interventi di costituzione  e manutenzione della vegetazione in ambito fluviale distinti per i diversi settori di bacino con ricorso all'inserimento di fasce tampone boscate (F.T.B.). Sono riportate azioni per favorire la depurazione dei canali di sgrondo e dei fossi stradali, con ampliamento della sezione di deflusso della piena ordinaria o con ricorso a zone tampone di temporanea accoglienza delle acque inquinanti dilavanti. Infine sono indicati i criteri per gli interventi di sistemazione del substrato dell'alveo e la gestione dei sedimenti con esemplificazione grafica di sezioni d'alveo allo stato di fatto e di progetto ecologicamente corretto e scorretto.