Sulla base delle liste nazionali proposte dagli Stati membri, la Commissione Europea adotta, con una Decisione per ogni regione biogeografica, la lista dei Siti di Importanza Comunitaria (SIC). Le liste dei SIC sono periodicamente aggiornate dalla Commissione sulla base delle banche dati inviate dagli Stati membri una volta l'anno.

Il Ministero dell'ambiente e della sicurezza energetica, con propri decreti, ratifica di volta in volta le liste dei SIC italiani per ogni regione biogeografica. Successivamente, i SIC vengono designati a livello nazionale come Zone Speciali di Conservazione (ZSC). Insieme alle Zone di Protezione Speciale (ZPS), designate direttamente dagli Stati membri, i siti selezionati per ogni regione biogeografica compongono la Rete ecologica Natura 2000, che attraversa tutti i 27 paesi della UE.

Rupe arenacea dell'Appennino romagnolo. Foto Stefano Bassi

Ai sensi della Direttiva “Habitat” le 9 regioni biogeografiche considerate sono: la Boreale, l’Alpina, l’Atlantica, la Continentale, la Macaronesica, la Mediterranea, la Steppica, la Pannonica e la regione del Mar Nero.
I confini amministrativi dell’Emilia-Romagna ricadono interamente nella regione "Continentale".

La prima Decisione che designa i Siti di Importanza Comunitaria per la regione biogeografica continentale è del 7.12.2004, essa conferma per l'Emilia-Romagna tutti i 113 SIC precedentemente individuati dal Ministero dell'Ambiente (D.M. del 3.4.00) e dall'Amministrazione Regionale (Delib. G.R. n. 2042 del 2000, n. 1242 e n. 1333 del 2002, n. 2776 del 2003). Anteriormente a questa Decisione i siti sono sempre citati come "SIC proposti" o "pSIC", solo da questo momento in poi è corretto chiamarli "SIC".

La successiva Decisione del 13.11.2007 integra e modifica l'elenco dei SIC della regione biogeografica continentale e recepisce per l'Emilia Romagna quanto indicato dalle Deliberazioni della Giunta Regionale n. 167 e n. 456 del 2006. 
Le Decisioni del 12.12.2008 e del 22.12.2009 non presentano nessuna novità riguardo i SIC dell'Emilia-Romagna.

Con la Decisione del 10.01.2011 la Commissione Europea risponde alle proposte di modifica della Rete Natura 2000 individuate dalla Regione Emilia-Romagna con propria Deliberazione della Giunta Regionale  n. 512 del 2009: alcune proposte vengono accolte mentre altre vengono respinte. La Giunta Regionale prende atto di questa Decisione nella successiva Deliberazione n. 374 del 28.03.2011.

La citata Decisione del 10.01.2011 non prende però ancora in considerazione le proposte della Regione Emilia-Romagna riguardanti i nuovi sette Comuni dell'Alta Valmarecchia e il SIC marino del "Relitto della piattaforma Paguro" di cui alle Deliberazioni della Giunta Regionale n. 145 e n. 242 del 2010.

Una ratifica definitiva per questi siti è avvenuta con il quinto aggiornamento degli elenchi europei, notificato con Gazzetta ufficiale dell'Unione europea del 13.01.2012 alla Decisione 2012/14/UE.

Infine, con la Decisione 2013/741/UE del 07.11.2013, la Commissione Europea ratifica l'integrazione adottata dalla Regione Emilia-Romagna con propria Deliberazione della Giunta Regionale  n. 893 del 2012 che porta a 158 il numero dei siti. E' dal 13 marzo 2019 che parte la designazione dei SIC in ZSC ad opera dell'allora Ministero dell'Ambiente, della Tutela del Territorio e del Mare

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